Một trong những khó khăn lớn nằm ở chính sách. Hiện nay, theo quy định, bất kể một chủ trương điều chỉnh đầu tư dự án của các tuyến đều cần trình Chính phủ xem xét phê duyệt. Điều này dẫn đến thời gian phê duyệt bị kéo dài. Nếu giao cho Hà Nội thẩm quyền quyết định chủ trương thay đổi của các tuyến nhỏ lẻ, với quy mô nhất định, thời gian thi công có thể được rút ngắn hơn.
Dự kiến, ga ngầm C9, tuyến đường sắt số 2 Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo sẽ đi ngầm bên dưới lòng đường Đinh Tiên Hoàng, phía trước Tổng Công ty Điện lực Hà Nội, Tổng Công ty Điện lực miền Bắc và trụ sở HĐND - UBND thành phố Hà Nội. Do vướng vào vị trí đặc thù là gần Hồ Gươm, dự án cần điều chỉnh. Sau 12 năm, phương án điều chỉnh mới được thống nhất.
Ông Nguyễn Bá Sơn, Phó trưởng Ban Quản lý đường sắt đô thị Hà Nội, cho hay: "trình tự thủ tục để điều chỉnh một dự án đường sắt đô thị rất phức tạp, có thể mất 5-7 năm để lập và chuẩn bị đầu tư. Thủ tục điều chỉnh nhanh nhất cũng mất 2 năm cho các quy trình thủ tục. Vướng mắc nằm ở quy định pháp luật, quy trình phải qua nhiều bước, qua nhiều cơ quan ban ngành. Thời gian chờ lấy và tổng hợp ý kiến mất rất nhiều thời gian".
Do dự án phải điều chỉnh, cộng thêm thời gian dừng, chờ đợi phê duyệt chủ trương khá lâu, đây là hai lý do quan trọng khiến dự án bị đội vốn lên hơn 16 nghìn tỷ đồng. Quãng thời gian 12 năm chờ đợi có thể sẽ được rút ngắn hơn, nếu phân quyền cho Hà Nội được phép linh hoạt điều chỉnh quy hoạch cục bộ xung quanh các nhà ga.
Từ sự thành công của dự án đường Vành đai 4, các chuyên gia cho rằng, Hà Nội hoàn toàn đủ năng lực để thực hiện những dự án với quy mô lớn, trong đó có đường sắt đô thị.
Hiện, Nhà ga C9 trong tuyến số 2 Nam Thăng Long - Nội Bài đã được chấp thuận phương án điểu chỉnh. Hà Nội đã trình hồ sơ điều chỉnh chủ trương đầu tư và chờ Chính phủ phê duyệt làm cơ sở để phê duyệt điều chỉnh dự án. Nếu những khó khăn về chính sách được tháo gỡ, Hà Nội được phân quyền mạnh mẽ hơn, người dân Hà Nội có thể tin tưởng vào năm 2035, Thủ đô sẽ không còn cảnh tắc đường như thế này.
