Nội dung điều chỉnh thứ nhất liên quan đến quy mô xây dựng chủ yếu của Dự án. Theo đề xuất, tổng chiều dài tuyến của Dự án vẫn được giữ nguyên là 11,5km, nhưng có thay đổi về chiều dài đoạn đi trên cao (tăng từ 8,5 km lên 8,9 km) và đoạn đi ngầm (giảm từ 3 km xuống 2,6 km); số lượng đoàn tàu được giảm từ 14 xuống còn 10.
Nội dung điều chỉnh thứ hai là sơ bộ tổng mức đầu tư Dự án được đề xuất điều chỉnh lên 35.588 tỷ đồng (tương đương 200,744 triệu yên, tăng thêm 16.033 tỷ đồng so với thời điểm năm 2008).
Nội dung điều chỉnh thứ ba là việc Dự án có thời gian thực hiện mới từ năm 2009 đến năm 2031. Trong đó, UBND thành phố Hà Nội phấn đấu hoàn thành, đưa vào khai thác, vận hành năm 2029 và cần thêm hai năm đào tạo vận hành bảo dưỡng, thay vì hoàn thành vào năm 2015 như kế hoạch ban đầu.
