Hội đồng Y khoa Quốc gia có con dấu, tài khoản riêng và trụ sở đặt tại thành phố Hà Nội. Về cơ cấu tổ chức, Hội đồng Y khoa Quốc gia gồm Chủ tịch, không quá ba Phó Chủ tịch và các Ủy viên Hội đồng. Trong đó, Chủ tịch Hội đồng là lãnh đạo Bộ Y tế kiêm nhiệm.
Ngoài ra, còn có các ban chuyên môn để thực hiện các nhiệm vụ của hội đồng. Thành viên của các ban chuyên môn gồm một số Ủy viên Hội đồng và chuyên gia của các bệnh viện, cơ sở giáo dục đại học khối ngành sức khỏe và hội hoặc hiệp hội nghề nghiệp trong lĩnh vực y tế.