Sau 2 tháng đưa vào khai thác, nhiều bất cập đã xuất hiện trong quá trình vận hành tuyến cao tốc TP. HCM - Côn Đảo, trong đó có vấn đề trung chuyển hành khách, đã buộc tuyến này phải dừng hoạt động.

Trong thời gian vận hành, số khách đi tàu từ TP. HCM đi Côn Đảo thưa thớt mà một trong những nguyên nhân chính là phải trung chuyển từ trung tâm thành phố đến cảng Hiệp Phước.

Để sớm khôi phục tuyến tàu cao tốc này, Sở Giao thông Vận tải TP. HCM đang phối hợp Cảng vụ hàng hải trao đổi với doanh nghiệp đánh giá lại tình hình, tìm các giải pháp hỗ trợ doanh nghiệp. Đây
Côn Đảo nhiều năm qua là điểm đến được du khách ưa chuộng.