Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến một số khoản thu không đạt dự toán do thị trường bất động sản trầm lắng. Bên cạnh đó do nhà nước thực hiện các chính sách gia hạn, miễm giảm thuế, phí, tiền thuê đất…
Đặc biệt công tác tổ chức đấu giá tiếp tục gặp nhiều khó khăn do vướng mắc liên quan đến các lĩnh vực quy hoạch, đầu tư, giải phóng mặt bằng, giao đất…
Việc xác định giá đất gặp nhiều khó khăn do vướng mắc về chính sách, thủ tục đấu giá đất còn phát sinh thủ tục hành chính dẫn đến nguồn thu từ đấu giá đất đạt thấp. Trong thời gian tới để tăng nguồn thu cho ngân sách từ sử dụng đất, Cục Thuế TP. Hà Nội sẽ tập trung thanh, kiểm tra các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế. Nhất là đối với việc chuyển nhượng bất động sản qua đó góp phần tích cực cho công tác thu ngân sách.