Thanh tra thành phố Hà Nội đã chỉ ra một số tồn tại, hạn chế của dự án Nhổn - ga Hà Nội, trong đó có việc giám sát, sử dụng các nhà thầu phụ tham gia thực hiện gói thầu CP-01, CP-02.
Tại thời điểm điều chỉnh giá hai gói thầu trên, chủ đầu tư chưa thực hiện việc lập dự toán điều chỉnh theo phương pháp bù trừ trực tiếp, hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp điều chỉnh bằng chỉ số giá xây dựng theo quy định. Điều này dẫn tới quá trình thanh toán, quyết toán gói thầu CP01, CP02 chưa chính xác.
Về tiến độ, thanh tra kết luận dự án giải phóng mặt bằng còn chậm. Cụ thể, UBND các quận Đống Đa, Hoàn Kiếm, Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất trong năm 2012-2013 nhưng đến giai đoạn 2016-2022 mới bàn giao được mặt bằng. Do đó, trách nhiệm thuộc UBND các quận Ba Đình, Hoàn Kiếm, Đống Đa và các đơn vị có liên quan trong công tác giải phóng mặt bằng thực hiện dự án qua từng thời kỳ.
Ngoài ra, ngành thanh tra cho rằng, một phần trách nhiệm thuộc lãnh đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội qua các thời kỳ giai đoạn 2013-2022.
Từ kết luận, thanh tra kiến nghị UBND thành phố Hà Nội giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại. Cơ quan này cũng kiến nghị UBND thành phố Hà Nội chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội tổ chức kiểm tra rà soát lại các đơn giá áp dụng trong việc lập, thẩm định phê duyệt dự toán ban đầu đối với gói thầu số CP01, CP02. Việc rà soát làm căn cứ để thực hiện việc điều chỉnh giá theo quy định đối với nhà thầu thực hiện hai gói thầu trên; cũng như thanh toán, quyết toán với đơn vị thực hiện gói thầu CP01 và gói thầu CP02.
