Nhiều đại biểu cho rằng mặt hàng phân bón không thuộc diện chịu thuế giá trị gia tăng (VAT) đang khiến cho ngành sản xuất phân bón trong nước gặp khó khăn do không được khấu trừ đầu vào và gây thiệt đơn, thiệt kép với cả doanh nghiệp lẫn người nông dân.
Đại biểu Lương Quốc Đoàn, ĐBQH tỉnh An Giang cho rằng: các doanh nghiệp sản xuất phân bón không bị đánh thuế VAT thì đồng thời sẽ không được hoàn thuế VAT của tất cả các nguyên liệu đầu vào cho sản xuất phân bón, vì vậy giá thành phân bón sẽ cao hơn. Trong khi đó, các doanh nghiệp phân bón đều cho rằng, nếu đánh thuế 5% VAT đối với phân bón thì họ sẽ được hoàn thuế toàn bộ các cái nguyên liệu đầu vào, từ đó giá phân bón sẽ giảm 8%. Như vậy sẽ có lợi cho người nông dân.
Không đồng tình với ý kiến này, Đại biểu Nguyễn Hữu Toàn ĐBQH tỉnh Lai Châu phân tích: nếu đồng ý đánh thuế 5% đối với mặt hàng phân bón thì chỉ có lợi cho các doanh nghiệp sản xuất phân bón, còn người nông dân thì sẽ phải chịu thiệt thòi.
Đại biểu Nguyễn Hữu Toàn cho rằng, trong đánh giá tác động, chủ yếu mới đánh giá tác động có lợi cho các nhà máy sản xuất phân bón, không đánh giá tác động tới người nông dân. Theo đại biểu Nguyễn Hữu Toàn, nếu đánh thuế VAT thì người nông dân sẽ phải bỏ ra chi phí lớn hơn và nó sẽ ảnh hưởng đến sản xuất nông nghiệp cũng như là sức cạnh tranh của nông nghiệp, nông dân.
Hiện nay, Hiệp hội phân bón Việt Nam cũng như các doanh nghiệp đang kiến nghị cần thiết phải đưa phân bón vào đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng nhằm tạo ra một môi trường cạnh tranh bình đẳng, sòng phẳng giữa các nhà sản xuất trong nước với phân bón nhập khẩu.
