Theo các đại biểu, quá trình điều hành sẽ gặp rắc rối khi dự thảo chưa quy định rõ việc nào của Trung ương, việc nào thuộc về địa phương. Nếu không quy định rõ việc phân cấp này, ngay cả một việc đơn giản như vận hành các hồ thuỷ điện cũng sẽ phải xin ý kiến Thủ tướng, từ đó hạn chế nhiều quyền hạn của các bộ.
"Quyền của Chủ tịch nước và Thủ tướng chính phủ không phân cho ai cả. Có thể giao quyền, ủy quyền nhưng phải chịu trách nhiệm. Ngoài ra cần kiểm tra, giám sát và yêu cầu các cơ quan được ủy quyền phải báo cáo. Theo tôi, nên chuyển từ phân quyền thành giao quyền", Đại biểu Đỗ Ngọc Thịnh (Đoàn đại biểu Quốc Hội tỉnh Thanh Hóa) phát biểu.
Về nguy cơ cát cứ quyền lực, có đại biểu cho rằng, cần bổ sung nguyên tắc phân quyền có điều kiện, chỉ phân quyền địa phương đủ năng lực tài chính, nhân lực, năng lực quản trị. Đồng thời, cần xây dựng chỉ số đánh giá năng lực quản trị của từng địa phương trước khi phân quyền.
Giải trình tại phiên họp, Bộ trưởng Bộ Nội vụ Phạm Thị Thanh Trà nhấn mạnh, tư duy đột phá trong xây dựng Luật Tổ chức Chính phủ (sửa đổi) chính là hoàn thiện nguyên tắc phân quyền, phân cấp nhằm tạo sự chủ động, sáng tạo để thúc đẩy tự chủ, tự chịu trách nhiệm, năng động sáng tạo của cả hệ thống hành chính nhà nước.
Về nguyên tắc tổ chức, hoạt động của Chính phủ và phân định thẩm quyền, Bộ trưởng Bộ Nội vụ cho biết, dự án Luật đã làm rõ hơn vị trí, vai trò của Chính phủ trong mối quan hệ quyền lực của Chính phủ với Quốc hội, Tòa án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao; cơ chế phối hợp kiểm soát của Chính phủ đối với nền hành chính nhà nước; việc thực hiện quyền lập pháp và quyền tư pháp, bảo đảm quyền lực nhà nước thống nhất, có sự phân công và phân cấp cũng như sự phối hợp và kiểm soát quyền lực.
Dự án Luật cũng quy định rõ về thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các bộ, cơ quan ngang bộ và của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ và chính quyền địa phương để đảm bảo nguyên tắc rành mạch thẩm quyền, khắc phục tình trạng đẩy việc lên Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ như hiện nay.
