Theo Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội, nguyên nhân của sự cố này là do mưa lớn kéo dài liên tục dẫn đến sạt lở bờ bao ô lưu chứa bùn tại ô 1 - giai đoạn I khu liên hiệp xử lý chất thải Nam Sơn. Một phần lượng bùn lưu chứa chảy xuống khu vực cầu cân và đường nội bộ tiếp giáp bờ suối Lai Sơn trong phạm vi của khu liên hiệp xử lý chất thải Nam Sơn.
Hiện, việc tổng vệ sinh tại trục đường nội bộ khu xử lý đã được đơn vị vận hành xử lý triệt để, việc tiếp nhận rác trở lại bình thường.