Nguyễn Văn Dũng trưởng thành từ lò đào tạo của CLB Hà Nội và được đôn lên đội 1 vào năm 2013. Tính tới nay, anh đã có 11 mùa bóng chuyên nghiệp cho đội bóng Thủ đô, cùng đội vô địch V.League, 3 lần giành Cúp Quốc gia và 3 lần đăng quang tại Siêu cúp Quốc gia.
Tuy nhiên, 3 mùa gần nhất, với những chấn thương liên miên khi đã bước sang tuổi 30, Nguyễn Văn Dũng không còn đóng góp nhiều cho Hà Nội FC. Tại V.League 2023/2024, hậu vệ người Thái Bình chỉ ra sân đúng 1 trận.
Không ngạc nhiên khi trước thềm mùa giải 2024/2025, Nguyễn Văn Dũng và Hà Nội FC đã quyết định khép lại mối lương duyên kéo dài 11 năm, nhất là khi đội bóng Thủ đô muốn cải tổ đội hình cho tham vọng đua vô địch mùa tới, đồng thời cũng đã mang về hậu vệ Chu Văn Kiên từ CLB TP.HCM như một sự thay thế.
Hiện chưa rõ Nguyễn Văn Dũng sẽ chọn bến đỗ nào tiếp theo cho sự nghiệp, nhưng khả năng cao là anh sẽ xuống hạng Nhất thi đấu hoặc cũng có thể dừng lại, chuyển qua học bằng huấn luyện viên khi mà thể lực của anh không còn đảm bảo cho các trận cầu đỉnh cao.
