Cơ quan điều tra kết luận rằng dù không giữ chức vụ ở SCB, bà Lan là người chi phối, lãnh đạo và chỉ đạo toàn bộ hoạt động của ngân hàng SCB.
Bà Trương Mỹ Lan bị nhận định là người chủ mưu, tổ chức và cầm đầu chuỗi hành vi phạm tội. Từ năm 2020, bà Lan yêu cầu lãnh đạo SCB lập một số đơn vị có chức năng cho vay trực thuộc hội sở SCB, nhằm tránh sự kiểm soát của Ngân hàng Nhà nước chi nhánh TP Hồ Chí Minh.
Các đơn vị này có nhiệm vụ chính là phục vụ giải ngân cho các khoản vay của bà Trương Mỹ Lan. Tổng cộng, từ năm 2012 đến năm 2022, SCB đã giải ngân cho hơn 1.366 khách hàng.
Nhóm của bà Lan chiếm hơn 2.500 khoản vay tại SCB, với tổng số tiền giải ngân là hơn 1.066.000 tỷ đồng. 875 khách hàng trong nhóm của bà Lan với gần 1.300 khoản vay vẫn còn dư nợ tại SCB, hơn 677.000 tỷ đồng.
Bà Lan còn bị cáo buộc đã sử dụng nhiều chiêu trò để tránh sự kiểm soát của cơ quan chức năng, bao gồm việc chuyển tiền giải ngân vào các công ty "ma" để sau đó rút mặt bằng và cắt đứt dòng tiền. Điều này giúp bị can hợp thức hóa việc rút tiền và ngăn chặn việc bị phát hiện.
Liên quan đến vụ án tại Vạn Thịnh Phát, ông Chu Lập Cơ, chồng của bà Trương Mỹ Lan, bị cáo buộc gây thiệt hại hơn 9.100 tỷ đồng cho SCB và ông này đã nộp lại 1 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
