Bên cạnh những kết quả tích cực, thương mại điện tử cũng đối mặt với nhiều khó khăn, thách thức.
Nổi bật trong đó là: Bảo đảm nguồn gốc của hàng hóa; bảo đảm an toàn, an ninh thông tin cá nhân; hạ tầng logistics còn chưa đáp ứng kịp tốc độ tăng trưởng của thị trường; niềm tin của người tiêu dùng trong giao dịch...
Theo các chuyên gia, để phát triển bền vững thương mại điện tử cần có các yếu tố như tăng trưởng ổn định, tích cực, đảm bảo sự cân bằng, đáp ứng xu thế xanh, bảo vệ môi trường và đặc biệt là bảo vệ người tiêu dùng.
Bộ Công thương đã đưa ra mô hình hệ sinh thái số để phát triển thương mại điện tử bền vững, từ các hoạt động chuyển đổi số, phát triển hạ tầng số đến các nhóm giải pháp bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng và các chủ thể tham gia giao dịch thương mại điện tử.
