Trải qua 75 năm xây dựng, chiến đấu và trưởng thành, Học viện Quân y hiện có 44 cơ quan, đơn vị trực thuộc, trong đó có hai bệnh viện điều trị, thực hành lâm sàng
Ngay từ trong kháng chiến, vừa đảm bảo cứu chữa thương, bệnh binh, vừa nghiên cứu khoa học để ứng dụng ngay vào công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe cho bộ đội, nhân dân.

Trong xây dựng và bảo vệ Tổ quốc, Học viện đã ứng dụng, phát triển các kỹ thuật mới, hiện đại, nâng cao chất lượng chẩn đoán và điều trị, chú trọng đầu tư phát triển chuyên ngành mũi nhọn. Hiện nay, Học viện Quân y là một trong những cơ sở y tế nghiên cứu, ứng dụng thành công nhiều tinh hoa của y học cổ truyền, nhiều kỹ thuật hiện đại, kỹ thuật tiên tiến của y học thế giới.
Tại lễ kỷ niệm, thừa ủy quyền của Chủ tịch nước, Đại tướng Phan Văn Giang phó bí thư quân ủy trung ương, bộ trưởng bộ quốc phòng đã trao Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Ba cho Học viện Quân y vì đã có thành tích xuất sắc trong thực hiện nhiệm vụ giúp đỡ Bệnh viện trung ương Quân đội 103, Quân đội Nhân dân Lào thực hiện thành công kỹ thuật ghép thận từ người hiến sống đầu tiên ở Lào, góp phần xây dựng, phát triển mối quan hệ hữu nghị vĩ đại, đoàn kết đặc biệt và hợp tác toàn diện Việt Nam - Lào.