Bất chấp vị thế quốc tế và vai trò của khu phức hợp như một nơi trú ẩn trong thời kỳ xung đột, trụ sở của UNRWA vẫn bị quân đội Israel tấn công, cùng với xe tăng và máy ủi.
Khi quân đội Israel tiến quân vào tòa nhà này, có khoảng 6.000 đến 10.000 người đang trú ẩn ở đây. Nhưng họ đã buộc phải rời đi theo yêu cầu của quân đội Israel. Nhiều người lo sợ cho tính mạng của mình đã chọn cách chạy trốn về phía nam.

Phía Israel đã đưa ra những cáo buộc nghiêm trọng chống lại UNRWA, cho rằng nhân viên của cơ quan này có liên quan đến vụ tấn công quy mô lớn của Hamas nhằm vào Israel diễn ra vào ngày 7/10 năm ngoái và rằng Hamas có các đường hầm chạy bên dưới khu nhà và nguồn điện cung cấp cho Hamas là từ các tòa nhà của Liên hợp quốc.
Đáp lại những cáo buộc của Israel, một số nước phương Tây đã cắt tài trợ cho UNRWA, góp phần làm nghiêm trọng hơn thảm họa nhân đạo ở Gaza.