Ngay khi nhận được báo cáo sơ bộ, Tổng công ty đã tạm thời đình chỉ các kiểm soát viên không lưu liên quan và thành lập tổ điều tra vụ việc.
Trước đó vào sáng 19/6, trong quá trình cấp huấn lệnh điều hướng các chuyến bay trên, kiểm soát viên không lưu đã để xảy ra tình huống cảnh báo xung đột ngắn hạn. Đây là một phần mềm của đơn vị quản lý bay với chức năng phát báo động khi các máy bay ở quá gần nhau.
Ngay sau đó, kiểm soát viên không lưu đã cấp huấn lệnh cho các máy bay vòng tránh nhau, trở lại cự ly an toàn. Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam đã tạm đình chỉ các kiểm soát viên không lưu liên quan và tiến hành xác minh sự việc, cũng như báo cáo cấp có thẩm quyền.
Trong hàng không, yêu cầu về phân cách tối thiểu giữa các chuyến bay cũng giống như quy định về khoảng cách an toàn giữa xe cộ lưu thông trên đường, để ngăn ngừa va chạm. Tình huống hai máy bay suýt đối đầu nhau khiến hệ thống phát cảnh báo cho thấy có thể đã xuất hiện lỗi của con người.
