Trong dự thảo tờ trình, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, mức thu phí đáp ứng ba nguyên tắc: Phù hợp với lợi ích và khả năng chi trả của người sử dụng; sau khi bù đắp chi phí tổ chức phải đảm bảo còn dư để cân đối vào ngân sách Nhà nước; được tính toán theo từng đoạn, tuyến cụ thể để phù hợp với điều kiện khai thác, kinh tế xã hội từng khu vực.
Các tuyến đường cao tốc đầu tư bằng nguồn ngân sách trung ương và ngân sách địa phương được phân chia theo tỷ lệ nguồn vốn đầu tư tham gia vào dự án. Số tiền thu được nộp ngân sách Nhà nước và ưu tiên sử dụng cho đầu tư, quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, thực hiện trách nhiệm của Nhà nước đối với các dự án đầu tư đường bộ theo hình thức hợp đồng BOT.
Bộ Giao thông Vận tải cho rằng, việc thu phí cao tốc do Nhà nước đầu tư sẽ giúp tăng thu ngân sách qua việc huy động nguồn lực từ người sử dụng đường cao tốc; góp phần tạo nguồn kinh phí để đầu tư phát triển hệ thống đường cao tốc. Số tiền này cũng sẽ được dùng để quản lý, bảo trì đường cao tốc, là nguồn lực để thực thi các chính sách phát triển hạ tầng giao thông.
Bên cạnh đó, thu phí cũng giúp tăng hiệu quả khai thác đường cao tốc, cân bằng lưu lượng xe lưu thông trên đường cao tốc và trên đường quốc lộ song hành, tạo điều kiện kiểm soát tải trọng xe.
