Giống như phiên bản trước đó là HondaJet Elite S, HondaJet Elite II là loại bay nhanh, cao, xa và tiết kiệm nhiên liệu nhất trong phân khúc. Máy bay có tầm bay 2.865 km, độ cao hành trình tối đa 13,1 km và tốc độ hành trình tối đa 782 km/giờ. Chưa hết, máy bay có thể mang tối đa 1435 kg nhiên liệu, nhiều hơn 97 kg so với mẫu HondaJet Elite S trước đó.
HondaJet Elite II được tích hợp nhiều công nghệ tối tân chưa có trên các mẫu máy bay khác. Một trong những đột phá đáng chú ý nhất của Elite II so với phiên bản trước là buồng lái bằng kính. Hệ thống máy tính bên trong máy bay có thể điều chỉnh cài đặt mức năng lượng phù hợp với cấu hình chuyến bay mong muốn, giảm đáng kể khối lượng nhiệm vụ đặt lên vai phi công. Thân máy bay được làm hoàn toàn từ vật liệu composite với mục tiêu "càng nhẹ càng tốt".
Chỉ có 4 ghế hành khách và 2 ghế phi công nên Elite II có trọng lượng cất cánh tối đa là 5.000kg. Trọng lượng cất cánh này khiến Elite II trở thành một trong những máy bay phản lực có khả năng hoạt động mạnh mẽ và hiệu quả nhất so với những mẫu máy bay cùng kích cỡ từng được chế tạo.
