Một trong những khó khăn vướng mắc theo các đại biểu là khó khăn về nguồn lực, con người và đặc biệt là cơ chế, chính sách. Các đại biểu cũng đánh giá cao lần đầu tiên Quốc hội giám sát giữa kỳ cả ba chương trình mục tiêu để khắc phục những khó khăn vướng mắc tồn tại, từ đó có biện pháp hiệu quả cho giai đoạn kế tiếp.
Các đại biểu Quốc hội mong muốn chính phủ đồng hành cùng Quốc hội để chương trình thực hiện tốt hơn giai đoạn tới, khi đã nhận diện được những khó khăn, vướng mắc đang làm hiệu quả chương trình mục tiêu quốc gia không đạt như kì vọng.
Quốc hội đã giao Chính phủ hoàn thiện hồ sơ, tiếp thu kiến nghị của Đoàn Giám sát trình Quốc hội tại Kỳ họp gần nhất ban hành Nghị quyết theo quy trình rút gọn về cơ chế, chính sách đặc thù để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc, đẩy nhanh tiến độ thực hiện các Chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2021-2025.