Cơ quan hải quan sẽ căn cứ vào tờ khai hải quan và bảng kê chi tiết của doanh nghiệp chuyển phát nhanh để xác định số thuế phải nộp. Việc khai báo sẽ được thực hiện thông qua hệ thống thông quan hàng hóa tự động (đối với hàng hóa vận chuyển bằng đường không và đường biển) hoặc tờ khai giấy (đối với hàng hóa vận chuyển bằng đường bộ và đường sắt).
Đối với doanh nghiệp, các công ty chuyển phát nhanh sẽ phải cập nhật hệ thống tính thuế và làm quen với quy trình kê khai mới. Điều này có thể làm tăng chi phí vận hành và kéo dài thời gian xử lý đơn hàng.
Đối với người tiêu dùng, người mua hàng từ nước ngoài có thể phải trả thêm thuế GTGT, làm tăng giá sản phẩm. Một số mặt hàng trước đây có giá rẻ do miễn thuế có thể không còn hấp dẫn như trước.
Còn đối với cơ quan hải quan, việc thu thuế GTGT đối với hàng giá trị thấp sẽ tạo thêm khối lượng công việc đáng kể, đặc biệt khi hệ thống quản lý thuế chưa được nâng cấp hoàn chỉnh. Trong thời gian chờ hệ thống tự động hóa, các cán bộ hải quan sẽ phải kiểm tra và xác nhận thuế theo phương thức thủ công, làm tăng áp lực công việc.
Chính sách bãi bỏ miễn thuế GTGT đối với hàng giá trị nhỏ không chỉ nhằm tăng nguồn thu ngân sách mà còn phù hợp với định hướng của Chính phủ về cải cách thuế.
