Trên phạm vi thi công tuyến chính hiện vẫn còn khoảng 10 vị trí vướng hạ tầng kỹ thuật, đường điện, nhiều vị trí đang bị vướng mắc về giải phóng mặt bằng, nhà thầu phải thi công cầm chừng ảnh hưởng đến tiến độ dự án.
Cụ thể, tại Thường Tín, nhánh trái cầu Tô Lịch (nối xã Thái Hà với xã Nhị Khê, huyện Thường Tín, Hà Nội) đã hoàn thiện, còn nhánh phải, do vướng hạ tầng đường điện hạ thế nên đơn vị chưa thể hoàn tất thi công. Công trình hạ tầng điện, nước, cáp viễn thông trên toàn tuyến chưa được di dời nên tại những vị trí này nhà thầu phải tạm dừng thi công.
Đặc biệt, tại một số vị trí, đường ống nước, đường điện nằm trực tiếp trên hạng mục công trình như cầu, cống nên cũng phải tạm dừng thi công.
