Theo đó, Hội đồng tư vấn triển khai Nghị quyết 98 đề xuất nghiên cứu bổ sung thêm nhóm cơ chế, chính sách về đào tạo nguồn nhân lực, từng bước đáp ứng năng lực quản lý và tổ chức triển khai dự án trước, trong và sau khi đề án hình thành.
Bên cạnh đó, đề xuất UBND TP. HCM kiến nghị Chính phủ ban hành tiêu chuẩn quốc gia về hệ thống đường sắt đô thị. Đối với 14 cơ chế kiến nghị trong đề án Đường sắt đô thị, đề nghị Ban soạn thảo bố cục thành 5 nhóm để các cơ chế kiến nghị, gồm: Nhóm cơ chế chưa có tiền lệ, phân quyền cho TP. HCM để phê duyệt từng đề án con; Nhóm cơ chế tài chính; Nhóm cơ chế hoạt động; Nhóm cơ chế để phát triển công nghiệp hỗ trợ công nghiệp đường sắt đô thị và Nhóm cơ chế tổ chức triển khai.
